BioEdit

 

Download BioEdit v7.0.5 by Tom Hall:

Bei dem Freeware-Programm BioEdit handelt es sich unter anderem um einen Alignment-Editor. Es ist möglich verschiedene Sequenzdaten aus den Datenbanken (z.B. auf DNA/RNA und der Proteinebene miteinander zu vergleichen und Alignments zu erstellen. Für das Alignment von vielen Dequenzen auf DNA/RNA Ebene wird die Applikation ClustalW Alignment verwendet, Eine weitere wichtige Applikation ist die direkte Blastsuche um die zu untersuchende Sequenz mit anderen Sequenzen aus den Datenbanken zu vergleichen. Auch Stammbaumanalysen sind möglich. Für die Stammbaumanalysen stehen weitere Applikationen wie z.B. DNAPars (Parsimonie), DNAml (maximum likelihood) oder DNAdist (distance matrix) bereit. Vorraussetzung dafür sind Sequenzdaten gleicher Art verschiedener Spezies, die eine gewisse Ähnlichkeit aufweisen, um ein sinnvolles Alignment generieren zu können. Es ist möglich sehr viele verschiedene Formate in BioEdit zu verwenden. Es bietet sich aber das FASTA-Format an.

 

Tutorials:

http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/BioEditTutorial-e.html

http://www.lab-network.net/bioinformatics-f21/bioedit-shortcut-guide-t24.htm

 

Alternativen:

Jalview v2.4.0.b2:

CLC Sequence Viewer: