Distanzanalyse mit Hilfe von phylipmodulen

 

Sinn und Zweck

Bei der Distanzanalyse wird eine Distanzmatrix erstellt, aus der sich Stammbäume erzeugen lassen, die die Evolution/Änderungen, die zu den Distanzen zwischen den Sequenzen geführt haben, wiederspiegelt.

Phylipmodule

 

Das Programmpaket aller Phylipmodule gibt es hier.

Zur Distanzanalyse werden diese Phylip-Module benötigt: dnadist,fitch oder neighbor.

Zum einfacheren Bearbeiten ist es nützlich, sich diese Progeamme und die zu bearbeitenden Datensätze ein einen extra Ordner zu packen.

Infiles müssen im Phylip-format abgespeichert sein.

 

Vorgehensweise

 

1. dnadist

- dnadist erstellt aus den Sequenzdaten eine Distanzmatrix, die nun in neighbor-joining oder fitch weiter verwendet werden kann

2a. neighbor

- berechnet aus der Distanzmatrix einen Baum, der die durchschnittlichen Distanzen von einem Taxa zu den anderen Taxa mit einberechnet

- man hat die Möglichkeit die Außengruppe fest zulegen

2b.fitch

- berechent ebenfalls aus der Distanzmatrix einen Baum, dabei werden die Astlängen im Vergleich zur Distanzmatrix minimiert

- man hat die Möglichkeit die Außengruppe fest zulegen