Distanzanalyse mit Hilfe von phylipmodulen
Bei der Distanzanalyse wird eine Distanzmatrix erstellt, aus der sich Stammbäume erzeugen lassen, die die Evolution/Änderungen, die zu den Distanzen zwischen den Sequenzen geführt haben, wiederspiegelt.
Phylipmodule
Das Programmpaket aller Phylipmodule gibt es hier.
Zur Distanzanalyse werden diese Phylip-Module benötigt: dnadist,fitch oder neighbor.
Zum einfacheren Bearbeiten ist es nützlich, sich diese Progeamme und die zu bearbeitenden Datensätze ein einen extra Ordner zu packen.
Infiles müssen im Phylip-format abgespeichert sein.
Vorgehensweise
1. dnadist
- dnadist erstellt aus den Sequenzdaten eine Distanzmatrix, die nun in neighbor-joining oder fitch weiter verwendet werden kann
2a. neighbor
- berechnet aus der Distanzmatrix einen Baum, der die durchschnittlichen Distanzen von einem Taxa zu den anderen Taxa mit einberechnet
- man hat die Möglichkeit die Außengruppe fest zulegen
2b.fitch
- berechent ebenfalls aus der Distanzmatrix einen Baum, dabei werden die Astlängen im Vergleich zur Distanzmatrix minimiert
- man hat die Möglichkeit die Außengruppe fest zulegen