Gene Ontology
The Gene Ontology (GO) ist ein Projekt zur Erstellung einer biomedizinische Ontologie. Eine Ontologie bietet im unterschied zu klassischen Datenbanken – die keine Informationen zur Bedeutung der gespeicherten Daten angeben – eine formale Beschreibung der Daten, sowie Regeln zu deren Zusammenhang. Durch logisches Folgern (Inferenz) ist es dadurch möglich Rückschlüsse aus den vorhandenen Daten zu ziehen, Widersprüche in diesen zu erkennen und fehlende Informationen eigenständig zu ergänzen.
Gene Ontology versucht dafür einheitliche, strukturierte und kontrollierte Termini zur Annotierung von Genen, Genprodukten und -sequenzen zu entwickeln, die Genprodukte anhand ihrer zugehörigen biologischen Prozesse, zellulären Komponenten und molekularen Funktionen speziesunabhängig beschreiben. Dazu werden zuerst die als GO Term bezeichneten Termini selbst erstellt, diese dann mit Genen und Genprodukten in angeschlossenen Datenbanken verlinkt und letztlich Tools zur Erstellung, Wartung und Nutzung der Ontologie entwickelt. Die GO Ontologie erhält dadurch die Topologie eines gerichteten azyklischen Graphen und jeder Term hat eine definierte Beziehung zu einem anderen Term oder mehreren anderen Termini im selben Bereich oder auch in anderen Bereichen.
Ein GO Term besteht aus einer eindeutigen alphanumerischen ID, einem Namen, dem zugehörigen Namensraum, einer Definition mit Referenz, möglichen Synonymen, Referenzen zu äquivalenten Begriffen in anderen Datenbanken und Kommentaren zur Bedeutung und Nutzung des Terms.
id: GO:0000016 name: lactase activity namespace: molecular_function def: "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108] synonym: "lactase-phlorizin hydrolase activity" BROAD [EC:3.2.1.108] synonym: "lactose galactohydrolase activity" EXACT [EC:3.2.1.108] xref: EC:3.2.1.108 xref: MetaCyc:LACTASE-RXN xref: Reactome:20536 is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
Literatur:
The Gene Ontology Consortium (Jan 2008). "The Gene Ontology project in 2008.". Nucleic acids research 36: D440–4, doi:10.1093/nar/gkm883, PMID 17984083.