NCBI-BLAST

 

Hier...

Mit der Hilfe von BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) lassen sich Regionen von lokaler Ähnlichkeit zwischen Sequenzen finden. Das Programm vergleicht Nukleotid- oder Protein-Sequenzen mit Sequenz-Datenbanken und berechnet die statistische Signifikanz der Treffer. BLAST kann dafür benutzt werden, um Rückschlüsse auf funktionelle und evolutionäre Beziehungen zwischen Sequenzen zu machen oder um Mitglieder einer Genfamilie zu identifizieren.

BLAST-Programmwahl

Es gibt verschiedene grundlegende Programme, die für die Suche augewählt werden können...

nucleotide blast durchsucht Nukleotid-Datenbanken auf Grundlage einer Nukleotid-Abfrage

protein blast druchsucht Protein-Datenbanken auf Grundlage einer Protein-Abfrage

blastx durchsucht Proteindatenbanken auf der Grundlage von übersetzter Nukleotid-Abfrage

tblastn durchsucht übersetzte Nuklotid-Datenbanken auf der Grundlage einer Protein-Abfrage

tblastx durchsucht übersetzte Nukleotid-Datenbanken auf der Grundlage einer übersetzten Nukleotid-Abfrage

 

Akzeptierte Formate

Die Abfrage-Sequenz, welche in BLAST verwendet wird, sollte in das 'Search' Textfeld gegeben werden. Verschiedene Formate können verwendet werden (FASTA, die blanke Sequenz oder die Sequenz-Identifikationsnummer). Es besteht ebenfalls die Möglichkeit, Daten im entsprechenden Format hochzuladen. Dem Projekt kann ebenfalls ein Titel verliehen werden, unter dem man es später abspeichern kann. Details...

Auswahl von Suchgeräten

Die BLAST-Seite bietet eine Auswahl von verschiedenen Datenbanken an, wie durchsucht werden können. So können für die Sequenz spezifische Datenbanken durchsucht werden.

Programm Auswahl

Hier besteht die Möglichkeit zwischen verschiedenen BLAST-Programmen zu wählen, die für die Suche verwendet werden.

Ergebnisse

Nachdem die Suche durchgelaufen ist, erhält man Ergebnisse in verschiedenen Formaten.

Graphische Übersicht:

Eine Übersicht über die Datenbanksequenzalignierungen mit der Suchsequenz wird angezeigt. Die Übereinstimmung wird durch unterschiedliche Farben angedeutet.

Detailierte Beschreibung:

In einer detailierteren Beschreibung der Ergebnisse werden Angaben über die gefundenen Sequenzen gemacht. Man findet hier auch Aussagen über die Genauigkeit des jeweiligen Ergebnisses.

Alignements:

Es besteht außerdem die Möglichkeit sich die einzelnen Alignments anzusehen und detailierte Informationen zu erfahren.

 

Die Ergebnisse können in verschiedenen Formaten heruntergeladen oder auch nach einer Anmeldung online gespeichert werden.

 

Es besteht die Möglichkeit weitere BLAST-Programme für spezialisierte Suchen, von z.B. Primer-Sequenzen, konservierten Domainen, SNPs, etc., zu verwenden.