Links zu Software und Datenbanken: Phylogenie / Vergleichende Genomik

 

(geschaffen im Rahmen des Kurses Bioinformatik und Molekulare Evolution)

 

Datenbanken

 

Datenbanken allgemein

NCBI: Taxonomy browser

Mitochondriale Datenbanken

Literaturdatenbanken

ZOTERO (Literaturverwaltung als Firefox-add-on - freeware!)

Barcoding of life (BOLD) u.a. mit Bestimmungstool anhand cox1

Treebase

 

 

Arbeiten mit Sequenzen

 

Sequenzformate

Alignment tools

Sequenz-Editoren

Baum-editoren (Treeview und andere)

Vergleich mit Datenbanken: NCBI BLAST

Gen-Annotation (Protein-kodierende Sequenzen): NCBI ORF finder - Testcode

Gen-Annotation (tRNAs)

Gen-Ontologie

COG database (Cluster of orthologous genes)

Chromhome (Vergleich von Chromosomen über "chromosome painting")

RNA-Sekundärstrukturen

 

 

Phylogenie

 

PHYLIP: homepage - MP Analyse - ML Analyse - Distanzanalysen - Bootstrapping

MEGA (MP und Distanzanalysen)

PAUP (MP, Distanz, ML Analysen) kommerzielles Programm

MrBayes (BI)

Treefinder (ML)

RAxML (ML, rapid bootstrapping!)

jmodeltest (Evolutionsmodelle testen)

Phylogenie-Programme über den CIPRES server (RAxML, MrBayes, u.a.)